Dengan kaliper rem depan yang dilengkapi 4 piston tentu bisa memberikan performa pengereman lebih bagus dari Ninja 250 generasi sebelumnya.
Pakai rem cakram depan belakang, baik ZX-25R varian standar atau SE pakai spesifikasi pengereman yang identik.
Perbedaannya ada pada sistem rem ABS dual channel di varian SE dan varian standar tidak dilengkapi dengan sistem rem ABS.