Utamanya, nomenklatur Toyota Kijang Kapsul dibagi berdasar sasis panjang dan sasis pendek.
Kemudian dipecah lagi berdasarkan trim seperti SX, LX, SSX. LSX, SGX, LGX, Rangga, dan Krista.
(Baca Juga: Berminat Engine Swap Toyota Kijang Kapsul? Ini Pilihan Mesinnya)
Toyota Kijang Kapsul mendapatkan facelift pertama kali pada tahun 2000, perubahan fisik terjadi di eksterior dan interior.
Ubahan di eksterior meliputi lampu depanbelakang dan gril baru, bumper polyurethane yang lebih panjang, spion elektrik, serta kaca belakang berukuran lebih besar.
Sementara di interior ada perubahan pada desain dasbor, konsol tengah, serta warna interior.
Pada model ini Toyota mulai menerapkan sistem injeksi elektronik sebagai pasokan bahan bakar di Kijang Kapsul.
Meski begitu, masih ada varian SX dan LX yang tetap menggunakan karburator.
(Baca Juga: 2 Penyakit Bawaan Toyota Kijang Kapsul Bekas, Kenali Sebelum Meminangnya)
Di tahun 2000 ini pula toyota menambah pilihan mesin bensin 4-silinder berkapasitas 2.000 cc.
Pada 2002, kembali Toyota Kijang Kapsul mengalami facelift kedua.
Ubahan terjadi pada gril, lampu depanbelakang, bumper depan lebih panjang, serta interior beige untuk varian SGX, LGX dan Krista.
Model ini merupakan angkatan terakhir Kijang Kapsul sebelum digantikan oleh Kijang Innova pada 2004.