Pembangunan Pelabuhan Patimban terbagi menjadi tiga tahap, khusus untuk tahap pertama terbagi lagi ke dalam dua fase.
Tahap pertama, Pelabuhan Patimban akan memiliki terminal kendaraan dengan dermaga sepanjang 300 meter serta terminal peti kemas 420 x 35 meter dari total panjang dermaga keseluruhan tahap 1, 2 dan 3 sepanjang 4.320 meter, serta kedalaman perairan -10 m LWS.
Selanjutnya, di tahap pertama fase kedua nantinya terminal kendaraan menjadi 690 m, sedangkan terminal peti kemas diperpanjang dan diperluas menjadi 1.740 x 35 meter dari total panjang dermaga keseluruhan 4.320 meter, dengan kedalaman -14 m LWS.